Indonesia melakukan konfrontasi dengan Malaysia setelah diumumkan Dwikora oleh Presiden Soekarno pada tanggal 3 Mei 1964. Tindakan pemerintah Orde Lama ini jelas menyimpang dari pelaksanaan politik luar negeri bebas aktif. Pada masa Orde Baru, politik luar negeri Indonesia dikembalikan lagi pada politik bebas aktif sesuai dengan Pancasila dan UUD 1945. Hal ini merupakan pelaksanaan dari Ketetapan MPRS No. XII/MPRS/1966. Indonesia segera memulihkan hubungan dengan Malaysia yang sejak 1964 terputus.
Normalisasi hubungan Indonesia–Malaysia tersebut berhasil dicapai dengan ditandatangani Jakarta Accord pada tanggal 11 Agustus 1966. Persetujuan normalisasi hubungan Indonesia–Malaysia merupakan hasil perundingan di Bangkok ( 29 Mei–1 Juni 1966 ). Perundingan dilakukan Wakil Perdana Menteri / Menteri Luar Negeri Malaysia, Tun Abdul Razak dan Menteri Utama/Menteri Luar Negeri Indonesia, Adam Malik. Perundingan telah menghasilkan persetujuan yang dikenal sebagai Persetujuan Bangkok.
Adapun persetujuan Bangkok mengandung tiga hal pokok, yaitu sebagai berikut.
- Rakyat Sabah dan Serawak akan diberi kesempatan menegaskan lagi keputusan yang telah diambil mengenai kedudukan mereka dalam Federasi Malaysia.
- Kedua pemerintah menyetujui memulihkan hubungan diplomatik.
- Kedua pemerintah menghentikan segala bentuk permusuhan.